ChIP-Seq即染色质免疫共沉淀测序是解析转录因子、组蛋白修饰等蛋白与基因组DNA互作关系的核心测序技术本ChIP-Seq分析流程仅需上传原始测序fastq.gz数据、填写配套样本信息文件完成参数配置后即可一键运行完整分析从原始数据质控、序列比对、富集峰鉴定到峰功能注释、基序富集全套结果自动产出适配人、小鼠、大鼠三类模式物种数据。工具地址https://www.henbio.com/tooldetail?id296前期数据与文件准备正式运行分析前需要提前准备两类核心文件与测序原始数据第一类是样本描述表格文件该表格固定三列表头分别为SampleId、Read1、Read2SampleId为自定义无特殊符号的样本名称Read1、Read2对应双端测序R1、R2端fastq.gz文件名所有测序文件名称需和表格内文本完全一致无颠倒、错字可在Excel中整理完成后复制粘贴至平台表格输入框第二类是IP和Input样本分组信息文件表格固定三列表头group_name、IP_sample、Input_samplegroup_name为实验组名称IP_sample列填写免疫沉淀处理的样本名Input_sample列填写对应对照组Input样本名两列样本名称必须和样本描述文件内SampleId完全匹配IP样本为富集目标蛋白结合DNA的测序数据Input为免疫沉淀前全基因组DNA对照数据用于后续富集峰背景校正。同时所有测序fastq.gz原始文件需要统一存放至平台同一目录下。平台测序数据目录上传操作进入ChIP-Seq分析工具页面后先完成测序数据上传点击页面内测序数据目录对应的选择目录按钮在弹出的文件管理窗口中点击新建文件夹输入自定义文件夹名称后确认双击进入新建文件夹点击上传按钮将所有fastq.gz测序文件批量上传至该文件夹内上传完成后返回上级目录选中存放测序数据的文件夹并点击选择完成测序文件目录绑定。样本信息文件录入与绑定在参数设置区域第一栏样本描述文件处将提前整理完成的SampleId、Read1、Read2三列表格信息完整粘贴至页面内置表格表格内*标记表头为必填项单元格标红代表信息缺失、标橙代表格式错误粘贴完成核对四组样本信息无报错后点击选择目录按钮选中此前上传测序文件的文件夹完成样本与测序文件路径关联随后处理IP和Input样本信息栏点击选择文件按钮上传提前制作完成的分组表格文件也可点击示例文件下载平台标准模板对照制作上传后系统自动读取分组对应关系核对每组IP样本与Input对照匹配无误后进入下一步参数设置。核心分析参数配置说明页面内带*标记参数均为必填项第一处峰类型参数包含narrow与broad两个选项当实验目标为转录因子结合ChIP数据时选择narrow目标为组蛋白修饰类宽峰数据时选择broad平台默认参数为narrow第二处物种名称下拉菜单可选人(Homo sapiens)、小鼠(Mus musculus)、大鼠(Rattus norvegicus)根据测序样本来源物种选择对应条目暂无收录物种可联系平台技术支持适配第三处macs2识别富集峰使用的统计方法包含pvalue、qvalue两种平台默认pvalueqvalue代表校正后p值可根据研究严谨性需求切换第四处显著性阈值默认数值0.05统计学常规阈值标准若需要降低假阳性富集峰可修改为0.01数值仅支持0至1区间小数。分析结果下载与内容解读运行后任务状态显示运行成功进入我的项目对应任务条目点击下载按钮获取CHIP_Seq_result.tar.gz压缩包解压后生成分层结果文件夹01.QualityControl为原始数据质控文件夹包含fastp处理前后测序指标统计表、碱基分布、测序质量分布可视化图、多质控汇总html报告可用于评估测序原始数据合格程度02.Mapping为序列比对结果文件夹包含样本比对率统计表、TSS上下游3kb区域信号分布热图、BigWig信号文件BigWig文件可导入IGV基因组浏览器进行单基因位点可视化查看03.CallPeaks为macs2富集峰鉴定结果输出峰坐标bed文件、峰长度、富集倍数、显著性数值统计表是后续下游分析核心文件04.PeaksAnnotation为富集峰功能注释文件夹产出峰在染色体分布柱状图、基因组功能元件占比饼图直观展示富集峰在启动子、外显子、内含子等区域的分布情况05.findMotifs为基序富集分析文件夹输出已知基序、从头预测基序富集图谱与统计表格用于挖掘目标蛋白保守结合DNA序列。